Le CIADT du 12 juillet 2005 qui a labellisé 67 pôles de compétitivité prévoyait une dotation initiale de 500 millions d'euros par an de 2006 à 2008, notamment par des agences de financement, au moyen d'appels à projets et d'exonérations fiscales. A ces 67 pôles ont été ajoutés 4 nouveaux pôles en juillet 2007 qui bénéficient également de ces financements. Les appels à projets ont pour but de financer une partie des projets de recherche collaborative, c'est-à-dire associant au moins deux entreprises et un laboratoire de recherche ou un organisme de formation. Ces financements passaient en 2005, pour les fonds ministériels, par le biais du FCE (Fonds de Compétitivité des Entreprises). 

Fonds unique interministériel
En mars 2006, l'ensemble des fonds ministériels prévus pour les pôles de compétitivité a été regroupé dans un fonds unique, qui rassemble la participation des ministères de l'industrie, de la défense, de l'équipement, de l'agriculture, de la santé et de l'aménagement du territoire. Ce fonds prévoit désormais un financement pour les projets collaboratifs de 720 millions d'euros pour la période 2006-2008. Le premier appel à projets a été lancé en décembre 2005 et a mobilisé 115 millions d'euros du fonds unique. Le deuxième appel à projets a été lancé en mars 2006 et 80 millions d'euros ont été obtenus. Le troisième appel à projets a été lancé à l'automne 2006 et  83 millions d'euros ont été accordés aux projets touchant 47 pôles. Le quatrième appel à projets a été lancé et cloturé au printemps 2007. Les résultats ont été publiés le 16 juillet 2007, annonçant la mobilisation de 83 millions d'euros de l'Etat pour financer 70 projets. Le 1! avril dernier a eu lieu à Bercy, à l'initiative de la DGE et de la Caisse des dépôts, la journée Capital-Pôles, qui a permis de mettre en relation des entreprises innovantes des pôles de compétitivité et les investisseurs privés. le secrétaire d'État Luc Chatel a indiqué que 2,6 milliars d'euros (dont 887 millions de la part de l'État) avaient été attribués aux pôles depuis leur création.
^{(Source: www.capital-poles.com)}

De 2005 à 2007, les 4 premiers appels à projets ont permis de financer 332 projets d'un total de 2,2 milliards d'euros dont 474 millions de subventions provenant du FUI, 230 millions de subventions des collectivités locales et 190 millions d'aides remboursables d'Oséo. Si l'on rajoute le cinquième appel à projets jusqu'à début 2008, on arrive à un total de 455 projets, pour 2,8 milliards d'euros, touchant près de 10 000 chercheurs, 5 000 PME et totalisant 929 millions d'euros de financements publics dont plus de 620 par l'État.
^{(Source: Oséo)}

Le financement de l'ANR
Les membres des pôles de compétitivité répondent aussi aux appels à projets "blancs" ou thématiques, de l'Agence nationale de la recherche (ANR, créée en 2005). Si la structure de gouvernance du pôle a labellisé le projet et que celui-ci a été sélectionné par l'ANR, le projet  bénéficie d'un complément de financement (abondement). Ainsi, en 2005, l'ANR a accordé environ 205 millions d'euros au financement de 330 projets labellisés par des pôles, ce qui représentait près de 38 % des financements sur appels à projets compétitifs. En 2006, le soutien global de l'ANR aux pôles de compétitivité a été de 176 millions d'euros (dont 5,7 millions d'euros de financement complémentaires au titre de l'abondement accordé aux projets labellisés par les pôles), pour 242 projets de recherche, issus de 51 pôles. Ces financements ont été concentrés puisque 6 pôles ont reçu à eux seuls, 40 % des financements accordés aux pôle et 20 pôles ont reçu près de 80 %.
En 2007, l'ANR a accordé 192 millions d'euros pour 283 projets labellisés par 56 pôles de compétitivité, dont 6,31 millions au titre des compléments de financement réservés aux projets de pôles.

Consulter le détail des financements de l'ANR aux pôles en 2007

Le financement d'Oséo
Une large part des financements d'Oséo aux PME entre dans le cadre des pôles de compétitivité. Oséo innovation consacre, en effet, près de la moitié de son budget d'intervention annuel à des PME impliquées dans des projets de pôles. Les projets collaboratif figurent parmi les priorités stratégiques d'Oséo. Les financements peuvent prendre la forme d'avances remboursables à taux renforcé ou d'un soutien en phase de faisabilité des projets.

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