Le CIADT du 12 juillet 2005 qui a labellisé 67 pôles de compétitivité prévoyait une dotation initiale de 500 millions d'euros par an de 2006 à 2008, notamment par des agences de financement, au moyen d'appels à projets et d'exonérations fiscales. A ces 67 pôles ont été ajoutés 4 nouveaux pôles en juillet 2007 qui bénéficient également de ces financements.

Majoritairement distribués par appel à projet, ces financements sont distribués par différents acteurs, variant selon la taille et la nature du projet:

• le Fonds Unique Interministériel est le principal guichet du financement des projets collaboratifs, comprenant au minimum deux industriels et un laboratoire de recherche
• l'Agence Nationale de la Recherche finance des projets de recherche plus amont, certains en partenariats industriels, d'autres en partenariat académique.
• OSEO-Anvar finance les projets portés par les PME. OSEO a également récupéré la gestion des financements de l'Agence pour l'Innovation Industrielle depuis 2007. Devenue la principale agence de financement national de l'innovation, elle pourrait être amenée à piloter le FUI dans le futur.
• les collectivités locales interviennent le plus souvent en co-financement de projets FUI ou ANR, mais peuvent être également amenées à financer en totalité certains projets ayant un impact sur le territoire.

D'autres financements interviennent dans la politique des pôles de compétitivité.

Le financement de l'animation des pôles est assuré en majorité par les DRIRE au titre des actions collectives.

Enfin, la Caisse des Dépôts et Consignation est amenée à prendre un rôle plus important dans le financement des pôles, de par le lancement d'un appel à projet plateformes d'innovation, lancé dans la deuxième phase des pôles 2008-2011.