Certains pôles ont amorcé des démarches de collaboration, soit avec des pôles intervenant sur les mêmes thématiques, soit avec des pôles ayant des problématiques complémentaires. Ces collaborations se font le plus souvent par la participation à des événements communs (salons, conférences...), notamment à l'étranger, par l'établissement d'une cartographie des compétences, des champs d'innovation, par l'échange de bonnes pratiques ou par une double labellisation des projets présentés dans le cadre d'appels à projets. Cela peut également prendre la forme de la mise en place d'une plateforme de travail collaboratif.
Les pôles Mer (Bretagne et PACA) ont prévu dès leur création une démarche de coopération. Un comité de pilotage et de coordination interrégional a été mis en place, constitué des deux bureaux et qui se réunit deux fois par mois. Il est présidé en alternance annuelle par le président de chaque pôle. Sa mission principale est de définir la stratégie et les actions communes aux deux pôles et d'éviter la redondance des investissements entre les deux pôles pour aboutir à des projets indépendants ou coordonnés ou complémentaires.
4 pôles automobiles (Mov'eo, MTA, Véhicule du Futur et Automobile Haut de Gamme) ont signé en février une charte de coopération pour permettre la constitution d''une masse critique visible à l'international. En santé et biotechnologies, les pôles ont pu se regrouper et participer en commun à plusieurs événements internationaux et ont répondu en commun à un appel à propositions de la DGE "Partenariat technologique international des PME des pôles de compétitivité ; s'associer pour gagner en compétitivité". Le but de cet appel à propositions est de favoriser à la fois la participation des PME aux programmes européens et la coopération technologique bilatérale avec des partenaires hors de l'Europe. Cet appel à propositions de la DGE présente la particularité d'être ouvert à des gouvernances de pôles de compétitivité. 2,35 millions d'euros ont été alloués pour le financement le 14 projets retenus.
Plus récemment, les 3 pôles aéronautique, situés en Aquitaine et Midi-Pyrénées, Ile-de-France et Provence-Alpes-Côte d'Azur, ont signé en septembre, un accord de coopération. De même, les Pôles normands ont signé le 20 septembre une charte de collaboration visant à organiser les synergies entre pôles. Les pôles Mov'éo, Transaction électroniques sécurisées, Filière équine et Logistique Seine Normandie partagent les mêmes objectifs de renforcement de leurs efforts en matière de recherche et d'innovation et de conforter le développement économique et la promotion du territoire normand.
Le 25 octobre 2007 a eu lieu la journée d'échanges entre les pôles santé - biotechnologies, à l'invitation de la DGE. Les huit pôles santé - biotechnologies Medicen, LyonbioPôle, Innovations Thérapeutiques Alsace, Cancer Bio-Santé, Prod'Innov, Orphème, Nutrition Santé Longévité et Atlantic Biothérapies ont participé aux discussions.
Dans le domaine des énergies renouvelables, les quatre pôles (Capenergies, DERBI, S2E2, et Tenerrdis) ont signé à l'occasion de la troisième conférence internationale du pôle DERBI, qui a eu lieu du 5 au 7 juin 2008 à Perpignan, une charte de coopération. Celle-ci prévoit une coordination sectorielle, des procédures de colabellisation, des actions communes de communication et un suivi commun des projets des trois pôles. De plus, trois de ces quatre pôles (Capenergies, DERBI et Tenerrdis) sont membres du cluster européen Eurogia dédié aux énergies propres, qui inclut également des partenaires de l'Espagne, des Pays-Bas et de la Norvège.
Le 3 juillet 2008, à l'occasion d'un séminaire entre les pôles MIPI (matériaux innovants pour produits intelligents) et Véhicule du Futur, sera amorcée une coopération entre ces deux pôles qui prendra la forme de colabellisation de projets communs.